Inazuma Eleven Go: Chrono Stone

Setelah Holy Road Soccer Tournament, Tenma Matsukaze, bepergian ke seluruh Jepang untuk mengajar sepak bola kepada anak-anak. Dia kembali ke SMP Raimon setelah menyelesaikan misinya, tetapi ada hal yang mengejutkan, SMP Raimon tidak lagi sama seperti dulu. Klub sepak bola tidak ada, dan anggota tim juara di Holy Road Soccer Tournament tidak ingat pernah ikut serta dalam turnamen. Mereka juga tidak ingat Tenma atau permainan sepak bola yang pernah mereka mainkan. Ketika Tenma dibuat bingung oleh situasi ini, Alpha, pemimpin Route Agents dan kapten tim Protokol Omega, tiba-tiba muncul di hadapannya. Alpha menyatakan bahwa ia dan timnya bertanggung jawab untuk memusnahkan hasrat sepak bola di SMP Raimon bersama dengan kenangan para anggota klub sepak bola, termasuk Tenma sendiri.

Ketika Alpha akan menyerang Tenma. saat itulah Fei Rune muncul tepat pada waktunya untuk menyelamatkannya. Siapa kah Fei? Kenapa Alpha ingin melenyapkan sepak bola? pertanyaan tersebut yang harus Tenma temui jawabannya.